陳以愛（2019.09）。五四時期東南集團「商戰」輿論和抵制運動。中山大學學報（社會科學版），59（5），37-56。
期刊論文
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陳以愛*（2018.09）。王國維與胡適文學革命論。中央研究院近代史研究所集刊，101，63-115。
陳以愛*（2016.09）。大學通識教育傳統的斷裂、延續和重建。通識教育評論，0（2），92-101。
陳以愛*（2016.06）。再造傳統──東海大學通識教育的新圖像。大學通識，1（9），85-107。
陳以愛*（2015.12）。毋忘初衷──通識教育在東海大學的理想與實踐。通識教育學刊，1（16），9-50。
陳以愛*（2015.09）。錢穆論人文主義教育的失落與重建。國史館館刊，0（45），154-198。
陳以愛*（2015.03）。五四運動初期江蘇省教育會的南北策略。國史館館刊，0（43），1-52。
陳以愛（2012.04）。錢穆論政學關係。北京大學教育評論，10（2），154-178。
陳以愛（2009.12）。「五四」前後的蔡元培與南北學界。論民國時期領導精英，，336-361。
陳以愛（2008.06）。胡適對王國維「古史新證」的回應。歷史研究，，105-123。
陳以愛（2007.01）。胡適的《水經注》藏本的播遷流散（下）。九州學林，5（1），105-159。
陳以愛（2006.09）。胡適的《水經注》藏本的播遷流散（上）。九州學林，4（4），149-184。
陳以愛（2002.03）。胡適的「整理國故」在20－30年代學術界的反響。近代中國史研究通訊，0（33），132-135。
研討會論文
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Sae-Chen Joseffin(陳以愛)（2019.07）。Leaders of the New Person and the New Society; Six Classics, Books, and Modern Knowledge（經世之學、身體、新聖賢）。論文發表於Sites of Knowledge in East Asia and the Emergence of Modern Korean Studies at the Turn of the 20th Century，Seoul：The Center of Modern Korean Studies（Humanities Korea）, Yonsei University.。
陳以愛*（2019.05）。五四商戰輿論與抵制運動。論文發表於五四運動100週年國際學術研討會，台北：中央研究院。
陳以愛（2019.04）。五四抵日運動與東南集團。論文發表於紀念五四運動一百週年國際學術研討會，北京：中國歷史研究院近代史研究所、中國現代文化學會。
陳以愛*（2017.12）。王國維與胡適的文學革命論。論文發表於「轉型與流變：從晚清到五四」國際學術研討會，臺北：中央研究院近代史研究所。
陳以愛*（2015.11）。大學通識教育傳統的延續、斷裂和重建。論文發表於大學通識教育聯盟成立儀式暨復旦大學通識教育十週年研討會，中國，上海：復旦大學復旦學院。
陳以愛*（2015.05）。集體主義陰影下「自由教育」的呼聲。論文發表於「民主科學來到中國一百年」紀念五四運動學術研討會，中國，北京：中國九三學社。
陳以愛*（2014.11）。毋忘初衷──東海大學通識教育的理念和實踐。論文發表於21世紀人文教育與通識教育的危機和展望研討會，台灣，台中：中華民國通識教育學會、東海大學通識教育中心。
陳以愛*（2014.09）。五四運動初期江蘇省教育會的南北策略。論文發表於第三屆歷史上的民眾與社會暨慶賀呂士朋教授米壽學術研討會，東海大學語文館LAN007：東海大學。
陳以愛*（2014.07）。在典範中思考大學。論文發表於「中國近代教育史研究及方法」國際會議，台灣，石門水庫：清華大學人文社會研究中心。
陳以愛*（2013.12）。錢穆論大學改制與文科教育的使命。論文發表於「中大史學五十年」學術研討會，中國，香港：香港中文大學歷史系。
專書
（陳以愛）（2021.09）。動員的力量：上海學潮的起源。臺北：民國歷史文化學社有限公司。（ISBN：978-626-7036-15-0）
陳以愛（2002.10）。《中國現代學術研究機構的興起──以北大研究所國學門為中心的探討（1922－1927）》。南昌：江西教育出版社。（ISBN：9787539238470）
專書部份章節
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卜睿哲等（2013.06）。〈從疑古到重建的轉折──以王國維對傅斯年的影響為中心〉。載於吳淑鳳（主編），《近代國家的型塑：中華民國建國一百年國際學術討論會論文集》（833-878頁）。台北：國史館。（ISBN：978-986-03-7281-6）
陳以愛等（2009.12）。〈「五四」前後的蔡元培與南北學界〉。載於呂芳上（主編），《論民國時期領導精英》（336-361頁）。：香港商務。（ISBN：9789620764264）
陳以愛等（2007.08）。〈胡適考證《水經注》案文稿的編輯次第──兼論《胡適手稿》、《胡適遺稿》、《胡適全集》的編輯問題〉。載於黃清連（主編），《結網三編》（223-259頁）。：台北：稻鄉出版社。（ISBN：9789866913174）
陳以愛等（2005.12）。〈胡適、王重民論學信札中的勵耘書屋主人〉。載於黎明釗（主編），《史學傳薪》（307-355頁）。：香港：中華書局。（ISBN：9789628885558）
陳以愛等（2005.05）。〈蔡元培與北京大學國學門〉。載於中國蔡元培研究會（主編），《蔡元培研究集──紀念蔡元培先生誕辰130周年國際學術討論會論文集》（430-448頁）。：北京：北京大學出版社。（ISBN：9787301042755）
陳以愛等（2003.07）。〈30年代胡適和陳垣的幾次學術交涉〉。載於周樑楷（主編），《結網二編》（341-408頁）。臺北：東大圖書公司。（ISBN：9571927457）
陳以愛等（1999.01）。〈「整理國故」運動的普及化〉。載於呂芳上（主編），《五四運動八十週年學術研討會論文集》（37-59頁）。臺北：國立政治大學文學院。（ISBN：9570247479）
陳以愛等（1998.08）。〈國學季刊發刊宣言:一份「新國學」的研究綱領〉。載於黃清連（主編），《結網編》（519-571頁）。臺北：東大圖書公司。（ISBN：9789571922）