丘為君*（2016.03）。革命與國家的想像─《甲寅雜誌》、《新青年》與五四啟蒙運動（1914-1919）。中央研究院近代史研究所集刊，0（91），1-46。
期刊論文
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丘為君*（2015.12）。《新青年》論歐戰——陳獨秀激進世界觀形成的考察。廣東社會科學，2015年（6），104-114。
丘為君（2014.05）。"歐戰"與中國的現代性。濟南大學學報 （社會科學版），24（3），1-6。
丘為君、鄭欣挺（2009.11）。牟潤孫教授的清代思想史研究與意義。《經學研究集刊》，第七期，1-19。
丘為君,鄭欣挺（2009.11）。<牟潤孫教授的清代思想史研究與意義>。《經學研究集刊》，0（7），1-19。
丘為君（2009.11）。牟潤孫教授的清代思想史研究與意義。經學研究期刊，（7），1-19。
丘為君（2009.06）。轉型期中國的自由主義：從嚴復到胡適。思與言，47（2），1-42。
丘為君（2008.03）。「歐戰」與中國的現代性。思與言，46（1），75-124。
丘為君（2007.04）。史勒辛格：美國最有權勢的歷史學家。歷史月刊，（231），126-128。
丘為君（2005.05）。戰爭與啟蒙：「歐戰」對中國的啟示。國立政治大學歷史學系學報，0（23），91-146。
丘為君*（2004.06）。從批判傳統到新詮國故: 胡適的戴震研究及其思想史意義。新史學，15（2），145-218。
丘為君（2003.04）。杯葛．抗爭．反歧視──美國民權運動。當代，（188），90-105。
丘為君（2003.02）。來自抗爭的權利──美國「言論自由運動」。當代，（186），90-105。
丘為君（2001.10）。權威與自由：自由主義在近代中國的歷程。廿十一世紀，，77-81。
丘為君（1999.09）。批判的漢學與漢學的批判﹕章太炎對考據學的反省及對戴震漢學的闡釋。清華學報，29（3），321-364。
丘為君（1998.03）。知識論在近代中國的成立：評張耀南《張東蓀知識論研究》。清華學報，28（1），75-96。
丘為君,張運宗（1996.06）。戰後台灣學界對經世問題的探討與反省。新史學，7（2），181-231。
丘為君（1994.12）。清代思想史「研究典範」的形成、特質，與義涵。清華學報，24（2），451-494。
丘為君（1994.06）。梁啟超的戴震研究: 動機、方法、與意義。東海學報，（35），61-85。
丘為君 (1993.06). Ch'eng-Chu Neo-Confucianism as Vocation: A Study of T'ang Chien”. 東海學報, 0(34), 223-288.
研討會論文
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丘為君*（2016.12）。從「群性」到「個性」的價值轉換——新文化運動知識份子批判傳統家庭制度的歷史意。論文發表於「胡適與知識人的變局抉擇」學術研討會，台灣 中央研究院 近代史研究所：中央研究院近代史研究所。
丘為君*（2016.11）。從「群性」到「個性」的價值轉換----新文化運動知識份子批判傳統家族制度的歷史意義。論文發表於第六届中国近代思想史暨岳麓书院创立1040周年国际学术研讨会，中國湖南長沙 湖南大學 岳麓書院：第六届中国近代思想史国际学术研讨会 暨 岳麓书院创立1040周年国际学术研讨会筹备组。
(丘為君)* (2015.11). Comments on the idea of shilun 史論. Paper presented at Conference in Taipei, November 12th and 13th, 2015
“Basic Concepts of Historical Thinking –
Towards an Intercultural Discourse”, 台北 台大人文社會高等研究院: 台北 台大人文社會高等研究院.
丘為君*（2015.09）。《新青年》論歐戰——陳獨秀激進世界觀形成的考察。論文發表於“紀念《新青年》創刊一百周年”國際學術研討會，上海：中國文化學會與復旦大學歷史系 主辦。
丘為君*（2015.05）。「新文化運動」發生前後的中國政治潮流。論文發表於新文化運動百年反思學術研討會，台灣 台大：臺灣大學哲學系 主辦， 北京大學哲學系、安徽大學文學院、浙江大學人文學院、復旦大學哲學學院 合辦，中央研究院近代史研究所 協辦。
丘為君*（2014.09）。革命與國家的想像－《甲寅雜誌》、《新青年》與五四啟蒙運動。論文發表於第三屆歷史上的民眾與社會暨慶賀呂士朋教授米壽學術研討會，東海大學語文館LAN007：東海大學。
無（2014.09）。"WWI and China's Modernity"。論文發表於"The East Asian Dimension of the First World War: The 'German- Japanese War‘ and China, 1914-1919" in Bochum, September 4-7，Ruhr University, Bochum, Germany：Ruhr University, Bochum, Germany。
無（2014.07）。"WWI and China's Modernity"。論文發表於An International Conference by the Department of East Asian Studies/Sinology, University of Vienna 3-5 July, 2014，Vienna, Austria：University of Vienna。
丘為君*（2014.07）。<第一次世界大战与中国的现代性>。論文發表於The Impact of World War One on China‘s Modern History (第一次世界大战对当代中国进程的影响研讨会) An International Conference by the Department of East Asian Studies/Sinology, University of Vienna 3-5 July, 2014，Vienna, Austria：University of Vienna。
丘為君,嵇義達（2011.10）。乾嘉時期的理學：清高宗理學思想。論文發表於"近代中國知識轉型與知識傳播1600 -1949"學術研討會，上海：臺灣中研院近代史研究所與復旦大學歷史學系合辦。
丘為君,鄭欣挺（2010.03）。晚清士人的修身觀：以李棠階為例。論文發表於《漢學與東亞文化》國際學術研討會，香港．珠海學院：香港．珠海學院，台灣．東海大學，中國大陸．南京大學，韓國．檀國大學 聯合主辦。
丘為君（2005.07）。戰爭與啟蒙：「歐戰」對中國的啟示。論文發表於第一屆近代中國思想與制度學研討會，台北：國立國父紀念館與國立政治大學歷史學系合辦．國父紀念館中山講堂 「第一屆近代中國思想與制度學研討會」。
丘為君（2004.05）。現代時期的「後現代」聲音：梁啟超的「西洋文明破產論。論文發表於「中國現代性的新視野」學術研討會，台北：國立台灣大學大學。
丘為君（2002.04）。從意志到實踐：儒家的生命教育觀。論文發表於2002東海大學生命教育研討會，台中：東海大學。
丘為君（2001.08）。權威與自由：自由主義在近代中國的歷程。論文發表於「中國近現代思想的演變」國際學術研討會，香港：香港中文大學．中國文化研究所．當代中國文化研究中心．。
丘為君（2000.10）。試論以知識經濟統合兩岸三地的可行性。論文發表於財團法人民主文教基金會，台北：財團法人民主文教基金會。
丘為君（1996.11）。評張耀南﹐《張東蓀知識論研究》。論文發表於大陸學者來台訪問及學術研討會，台北：中華發展基金管理委員會。
丘為君,張運宗（1995.04）。戰後台灣學界對經世問題的探討與反省。論文發表於五十年來台灣的歷史學研究之回顧研討會，東海大學：台中。
丘為君」（1994.08）。對「史學方法論」教學的若干初步反省。論文發表於史學專業課程教學研討會，台中：國立中興大學。
專書
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丘為君*（2018.08）。啟蒙、理性與現代性——近代中國啟蒙運動，1895-1925。台北市：國立臺灣大學出版中心。（ISBN：978-986-350-289-0）
丘為君、鄭欣挺、黃馥蓉（2015.10）。《牟潤孫先生學術年譜》。台北：台北 唐山出版社。（ISBN：978-986-307-103-7）
總編輯：丘爲君，主編：張運宗（2013.11）。編著：《中科述：中部科學工業園區第6至10年發展史（記錄）》601頁，2013.11.19。中部科學工業園區：中部科學工業園區。
（2010.09）。《自然與名教: 漢晉思想的轉折》（修訂版）。板橋：稻鄉。（ISBN：978.986.6913.90.7）
（2007.12）。(2007年版)東海大學五十年校史，1955-2005。：台中：東海大學出版社。
（2006.09）。2005年文史哲中西文化講座專刊。台北：文津出版社。
（2006.07）。東海大學五十年校史，1955-2005。台中市：東海大學版社。
（2006.05）。(簡體字版)戴震學的形成：知識論述在近代中國的誕生。上海：新星出版社。
（2004.12）。戴震學的形成：知識論述在近代中國的誕生。台北：聯經出版社。
（2003.12）。台灣學生運動，1949-1979。：稻鄉出版社。
（2003.12）。走入近代中國。：五南出版社。
（1997.09）。鹽水鎮誌。：鹽水鎮公所。
(1992.08). Morality as Politics: The Restoration of Ch'eng-Chu Neo-Confucianism in Late Imperial China. : The Ohio State University.
專書部份章節
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丘為君*（2015.12）。第一次世界大戰與中國的現代性 WWI and China's Modernity。載於Susanne Weigelin-Schwiedrzik, 朱嘉明（主編），一戰與中國：一戰百年會議論文集（27-37頁）。北京：東方出版社。（ISBN：978-7-5060-8797-1）
丘為君、鄭欣挺（2015.09）。丘為君、鄭欣挺，<牟潤孫教授的清代思想史研究與意義> （2014年修訂版）。載於丘為君、鄭欣挺、黃馥蓉（主編），《牟潤孫先生學術年譜》（台北：唐山出版社，2015）（215-269頁）。台北：台北 唐山出版社。（ISBN：978-986-307-103-7）
丘為君*（2014.12）。《權威與自由：自由主義在近代中國的歷程》(修訂版)。載於許紀霖（主編），《現代中國思想史論》（721-742頁）。上海：上海人民出版社。（ISBN：978-7-208-12430-1）
（2007.12）。轉型時代：理念的形成、意義，與時間定限。載於王汎森（主編），中國近代思想史的轉型時代（507-530頁）。台北：聯經。
（2006.12）。現代時期的「後現代」聲音：梁啟超的「西洋文明破產論」。載於鄭欽仁教授七秩壽慶論文集編輯委員會（主編），鄭欽仁教授七秩壽慶論文集（251-289頁）。台北：稻鄉出版社。
（2002.12）。權威與自由：自由主義在近代中國的歷程。載於劉青峰 岑國良（主編），自由主義與中國近代傳統（219-249頁）。：香港中文大學。
（2000.07）。前言：啟蒙、理性，與現代性：啟蒙運動的歷史反思。載於Vera Schwarcz（主編），中國啟蒙運動：知識份子與五四遺產(The Chinese Enlightenment: Intellectuals and the Legacy of the May Fourth Movement of 1919)（1-31頁）。台北：桂冠出版。
（1999.11）。啟蒙、理性，與現代性：啟蒙運動的歷史反思。載於鄭欽仁教授榮退紀念論文集編輯委員會（主編），鄭欽仁教授榮退紀念論文集（425-446頁）。：稻鄉出版社。
（1992.12）。論《權力的剖析》。載於John Galbraith（主編），權力的剖析（The Anatomy of Power）（1-1頁）。：時報文化。